Thunderbirdは，定期的に最適化していないとカタログが壊れてメールボックスから消えてしまうことがあります．また，Thunderbirdは，最適化するまでは，メールは何も削除せず，削除フラグがついているだけですので，スクリプトを書いてそのフラグを変更してあげるだけで修正できます．
# -*- coding: utf-8 -*-
from __future__ import with_statement
writer = open('Inbox_new.txt','a')
with open("Inbox") as f:
for i, x in enumerate(f):
x = x.replace('X-Mozilla-Status: 0009', 'X-Mozilla-Status: 0011')
writer.write(x)
if (i % 10000) == 0:
print i
writer.close()
print 'end'